En 1941 se organizó la primera edición de la Vuelta a Navarra, de la mano de El Pensamiento Navarro y con la colaboración de Unión Ciclista Navarra (UCN). Este proyecto entusiasta tuvo en su nómina 42 corredores, entre los que figuraban los principales profesionales de la época, como Cañardo, Orbaiceta, Trueba, Berrendero, Delio Rodríguez y Félix Vidaurreta. La primera Vuelta contó con seis etapas y es la única en su historia en la que la mayoría de los corredores eran profesionales. Julián Berrendero, que viene de ganar la Vuelta a España, es el triunfador de esta primera edición.

La Vuelta no se celebró en 1942 por coincidir en las fechas con la Vuelta a España, y quedaría en el baúl de los recuerdos hasta 1955, año en el que fue organizada por UCN. Nuevamente, la prueba desaparece hasta 1962, año en el que es recuperada en esta ocasión gracias a la inquietud del CC Muskaria. Desde ese año, la Vuelta a Navarra ha mantenido su continuidad hasta la fecha, con la única excepción de los años 1976 y 1978.

El belga Lucien Van Impe, futuro ganador del Tour, fue el ganador de esta prueba en su edición de 1969, el mismo año que José Miguel Echávarri debutó como profesional en las filas del equipo francés BIC.

La primera edición (1941) está copada prácticamente por corredores profesionales, mientras que en la segunda (1955) participaron profesionales y aficionados, mientras que a partir de 1962 la inscripción sólo está permitida para aficionados y, en alguna excepción ocasional, para independientes.

El único corredor que ostenta tres triunfos en la general es Mariano Díaz (1963, 1964 y 1965). Ningún participante ha conseguido dos victorias, mientras que con un triunfo hay 31 corredores.

Por países, los corredores españoles se han impuesto en 26 ocasiones, seguidos de Rusia, con tres triunfos; Francia y Brasil, con dos cada uno; y Bélgica, con una victoria.

A lo largo de la Vuelta sólo ha habido un corredor navarro que ha subido a lo más alto de pódium. Fue Roberto Lezáun el que se adjudicó la ronda con su victoria en 1990. Lograron la segunda plaza los también navarros J.L. Galdámez (1968), Luis Vicente Otín (1980) y Miguel Induráin (1984). Asimismo, S. Crepo (1990) y J.L. Arrieta (1992) se hicieron con la tercera posición. Otín e Induráin ganaron la Montaña en 1980 y 1984, respectivamente.

Ramón González tiene el honor de ser el corredor que más veces ha ganado las Metas Volantes, con sus tres triunfos de 1962, 1965 y 1967. Otro navarro, Segundo Goicoechea, venció en este apartado en 1971.